Anne sütü en önemli probiyotik (faydalı bakteri) ve prebiyotik (faydalı bakterinin gelişmesini sağlayan lif) kaynağıdır. Anne sütü ile beslenme, yaşamın erken döneminde bebeğin bağırsak mikrobiyotasının oluşumunu destekler. Mikrobiyota bağışıklık sisteminin oluşmaya başladığı yerdir.

Anne sütünün kendi benzersiz mikrobiyotasına sahip olduğu kabul edilmektedir. Mikrobiyota vücudumuzun iç ekosistemidir.

Anne sütüyle beslenen bebeklerde bağırsak mikrobiyotasında Lactobasillus ve Bifidobacterium probiyotik bakterilerinin büyük oranda bulunması daha güçlü bir bağışıklık sistemi sağlar.

Anne sütü içeriğinde bulunan oligosakkaritler, bifidobakteriler tarafından tercih edilmeleri nedeniyle bağırsak mikrobiyotası için önemli prebiyotik kaynaklarıdır.